由于GFP穩(wěn)定、靈敏度高、無生物毒性、熒光反應(yīng)不需要任何外源反應(yīng)底物及表達(dá)無物種或細(xì)胞組織的專一性，檢測(cè)簡(jiǎn)單，結(jié)果真實(shí)可靠，是一種獨(dú)特的報(bào)告蛋白，經(jīng)過激發(fā)光源激發(fā)后很肉眼容易觀察到熒光，可廣泛應(yīng)用于基因的表達(dá)與調(diào)控、蛋白質(zhì)的定位、轉(zhuǎn)移及相互作用、信號(hào)傳遞、轉(zhuǎn)染與轉(zhuǎn)化，以及細(xì)胞的分離與純化等研究領(lǐng)域。
90年代后，人們對(duì)GFP的性質(zhì)與應(yīng)用進(jìn)行了不斷深入的研究，隨著對(duì)GFP發(fā)光機(jī)制深入研究，通過對(duì)其發(fā)光團(tuán)區(qū)域和其他區(qū)域進(jìn)行隨機(jī)誘變，得到很多GFP突變型（藍(lán)光、黃光……），這些突變拓寬了GFP的應(yīng)用范圍，并將它發(fā)展成現(xiàn)代生物學(xué)研究的一個(gè)精確工具，在生物學(xué)、植物學(xué)、動(dòng)物學(xué)、微生物學(xué)等學(xué)科研究中被廣泛應(yīng)用。